Flensborg blev Bülows stabschef da Krogh og Læssøe blev fjernet fra overkommandoen efter episoden ved Eckernnförde i 1849. Flensborg var først og fremmest administrator, men som stabschef i overkommandoen stod han for den operative planlægning både ved udfaldet fra Fredericia 6. juli 1849 og slaget ved Isted. To af den danske hærs største sejre i historien.